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技術(shù)文章 / article
【連載-企業(yè)參考品】 神經(jīng)膠質(zhì)瘤的診斷參考品的選擇
原載自:www.tielongxhd6.cn[技術(shù)資料頻道] 2020-07-03 瀏覽次數(shù):1793
科佰生物作為一家提供企業(yè)核酸診斷標(biāo)準(zhǔn)品的企業(yè),在該領(lǐng)域已經(jīng)深耕多年,與全國(guó)該領(lǐng)域90%的企業(yè)都有過(guò)合作,成功支持過(guò)很多企業(yè)的試劑盒研發(fā)和獲批,在該領(lǐng)域有豐富的經(jīng)驗(yàn)。根據(jù)我們對(duì)市場(chǎng)的調(diào)研,對(duì)客戶(hù)需求的理解,我們把我們的產(chǎn)品線劃分為多個(gè)模塊,主要為支持PCR的單點(diǎn)Mutation、Fusion和CNV產(chǎn)品,支持NGS的小panel和大panel(泛腫瘤、包含TMB和MSI)產(chǎn)品,支持IHC和FISH的FFPE block產(chǎn)品,支持標(biāo)準(zhǔn)品定標(biāo)的dPCR檢測(cè)試劑盒產(chǎn)品等。
接下來(lái)的幾期,我們陸續(xù)會(huì)針對(duì)不同的腫瘤,遵循NCCN指南的標(biāo)注,為大家分享我們對(duì)企業(yè)參考品選擇的看法。
中樞神經(jīng)系統(tǒng)腫瘤中85%生長(zhǎng)于顱內(nèi);15%生長(zhǎng)于椎管內(nèi)。顱內(nèi)腫瘤以膠質(zhì)瘤多(占42%),椎管內(nèi)腫瘤以神經(jīng)鞘膜瘤多(占48%);腦膜瘤次之(占15~18%),垂體腺瘤、先天性腫瘤、血管性腫瘤及其他腫瘤均在10%以下。
神經(jīng)膠質(zhì)瘤簡(jiǎn)稱(chēng)膠質(zhì)瘤,也稱(chēng)為膠質(zhì)細(xì)胞瘤,是常見(jiàn)的原發(fā)性中樞神經(jīng)系統(tǒng)腫瘤,約占所有顱內(nèi)原發(fā)腫瘤的一半,廣義是指所有神經(jīng)上皮來(lái)源的腫瘤,狹義是指源于各類(lèi)膠質(zhì)細(xì)胞的腫瘤。
根據(jù)CBTRUS統(tǒng)計(jì),惡性膠質(zhì)瘤約占原發(fā)性惡性腦腫瘤的70%,年發(fā)生率約為5/100000,每年新發(fā)病例超過(guò)14000例,65歲以上人群中發(fā)病率明顯增高。
膠質(zhì)瘤的死亡率高,據(jù)文獻(xiàn)報(bào)道,中國(guó)膠質(zhì)瘤年發(fā)病率為3-6人/10萬(wàn)人,年死亡人數(shù)達(dá)3萬(wàn)人。
雖然發(fā)病率和死亡率,相較于其他腫瘤并不高,但是據(jù)柳葉刀子刊《神經(jīng)病學(xué)》(Neurology)研究文章顯示,大規(guī)模腦腫瘤統(tǒng)計(jì)發(fā)現(xiàn),在范圍內(nèi),中國(guó)的發(fā)病及死亡人數(shù)雙雙較高。
在2019年V3版的NCCN指南描述,針對(duì)Gliomas主要有以下幾類(lèi)生物標(biāo)志物,依次為:IDH1和IDH2突變、1p19q LOH、MGMT基因的甲基化、ATRX的功能缺失突變、TERT突變、H3F3A突變、BRAF突變和融合、RELA 融合突變、EGFR 跳讀和EGFR的擴(kuò)增。
IDH1和IDH2基因
IDH1和IDH2的突變,會(huì)造成D-2-hydroxyglutarate的表達(dá)異常,常見(jiàn)的IDH1突變是R132H,推薦IHC檢測(cè),如果是陰性的話,建議對(duì)IDH1和IDH2全部測(cè)序(sanger or NGS)。
科佰生物提供一系列IDH1和IDH2 mutaion的標(biāo)準(zhǔn)品,產(chǎn)品陸續(xù)增加中:
1p19q LOH
臨床發(fā)現(xiàn)不平衡的易位(1;19)(q10;p10)導(dǎo)致整個(gè)1p和19q臂的缺失,與IDH的突變密切相關(guān),1p19q LOH和IDH的突變,對(duì)臨床給藥都有明確的幫助。
1p19q LOH標(biāo)準(zhǔn)品,正在研發(fā)中。
MGMT promoter的甲基化
MGMT是一個(gè)DNA修復(fù)酶,對(duì)抗一些化療藥物,啟動(dòng)子區(qū)域的甲基化可以沉默MGMT基因,導(dǎo)致對(duì)化療藥物的敏感。
科佰生物提供的標(biāo)準(zhǔn)品,含有甲基化的詳細(xì)位點(diǎn)、甲基化程度。
ATRX 基因突變
ATRX是染色體調(diào)整蛋白,突變導(dǎo)致的功能缺失會(huì)導(dǎo)致ALT(端粒延長(zhǎng)替代),臨床可用IHC和測(cè)序來(lái)檢測(cè)。
科佰提供一系列ATRX的Pathogenic的標(biāo)準(zhǔn)品。
TERT啟動(dòng)子區(qū)域突變
TERT是編碼端粒酶的催化激活位點(diǎn),維持細(xì)胞分析時(shí)端粒的正常長(zhǎng)度,TERT的突變發(fā)生在非編碼區(qū)的啟動(dòng)子區(qū)域,突變提高了TERT的表達(dá),對(duì)臨床給藥和預(yù)后都有很大的指導(dǎo)意義。
H3F3A Mutation
常見(jiàn)的Histone突變是K27M,抑制了H3.3的*基化,其次是G34的突變,在兒童大腦皮層神經(jīng)膠質(zhì)瘤也常見(jiàn)。因此臨床往往是選擇測(cè)序,同時(shí)能檢測(cè)K27M和G34。
H3K27M和H3G34標(biāo)準(zhǔn)品,正在研發(fā)中。
BRAF突變
BRAF突變,尤其是V600E在很多腫瘤中,都能看到,在膠質(zhì)瘤中,也同樣重要。另外BRAF的fusion也建議被檢測(cè),可以檢測(cè)常見(jiàn)的KIAA1549基因。
BRAF-KIAA1549 Fusion標(biāo)準(zhǔn)品,正在研發(fā)中。
RELA Fusion
在兒童上皮神經(jīng)膠質(zhì)瘤常見(jiàn)RELA的融合突變,RELA的融合導(dǎo)致NFkB信號(hào)通路活化,常見(jiàn)的融合伴侶是C11orf95。
C11orf95-RELA Fusion標(biāo)準(zhǔn)品,正在研發(fā)中。
EGFR 跳讀和EGFR的擴(kuò)增
雖然在NCCN指南中沒(méi)有提及EGFR VIII和EGFR CNV的分子標(biāo)記,在臨床中的作用,但是EGFRvIII是GBM中常見(jiàn)的EGFR突變,在約60-70%EGFR擴(kuò)增的原發(fā)性GBM腫瘤中發(fā)現(xiàn),并且是實(shí)驗(yàn)療法的潛在靶標(biāo)。
綜上,按照NCCN的指南,按照臨床的藥物,按照伴隨診斷的需求,科佰生物開(kāi)發(fā)了針對(duì)神經(jīng)膠質(zhì)瘤(Glioma)的各種參考品、標(biāo)準(zhǔn)品,適合不同的應(yīng)用,滿(mǎn)足不同客戶(hù)的需求。
標(biāo)準(zhǔn)品選擇好了,接下來(lái)就是做性能評(píng)價(jià),讓我們先學(xué)習(xí)下指導(dǎo)原則,對(duì)于性能評(píng)價(jià)的規(guī)定。
詳見(jiàn)《從《指導(dǎo)原則》中分析參考品盤(pán)設(shè)計(jì)》。